En nylig metagenomisk studie har avdekket et bemerkelsesverdig mangfoldig spekter av virus og bakterier som båret av gnagere i Heilongjiang-provinsen, inkludert Lassa-virus, Amur-virus, Salmonella og Yersinia pestis.
Forskningen benyttet seg avPatogen RNA-berikelsessett fra Macro & Micro-Test, basert på probefangstteknologi. Ved selektivt å redusere verts-rRNA og andre konserverte vertsfragmenter, beholdt metoden effektivt mikrobielt RNA, noe som forbedret følsomheten for patogendeteksjon betydelig. Dette trinnet med anriking av patogen-RNA var avgjørende for å oppnå en høy deteksjonsrate og ga sterk teknisk støtte for patogenovervåking.
Gnagere: Viktige reservoarer av zoonotiske sykdommer
Gnagere er den artsrike og mest utbredte gruppen av pattedyr, og omfatter mer enn 2000 arter over hele verden og står for over 40 % av alle pattedyrarter.
Utover sin økologiske betydning, fungerer gnagere som viktige reservoarer og vektorer for en rekke zoonotiske patogener.Fordi gnagernes leveområder ofte overlapper med menneskelige miljøer – gjennom direkte bitt, kontakt med avføring eller indirekte overføring via lopper og midd – utgjør patogenene de bærer over seg en vedvarende folkehelsetrussel.
Det er verdt å merke seg at mer enn 70 % av nye smittsomme sykdommer stammer fra ville dyr, og gnagere representerer et av de viktigste virusreservoarene.
Heilongjiang grenseregion: En frontlinje for patogenovervåking
Heilongjiang, en grenseprovins i det nordøstlige Kina, har rikelig med økologiske ressurser og deler grenser med flere land. Kombinasjonen av rikt biologisk mangfold og hyppig befolkningsflytting på tvers av landegrenser skaper gunstige forhold for overføring av patogener.
Mellom juni og juli 2021 samlet forskere inn 67 ville gnagere fra Hengdaohezi by i Mudanjiang by. Prøvene inkluderte:
l 20Apodemus-halvøya
l 47Myodes rufocanus
Alle eksemplarene ble fanget i boligområder og omkringliggende jordbruksområder, noe som fremhever det nære grensesnittet mellom menneskelige bosetninger og dyrelivshabitater.
Teknologi for berikelse av patogener: Overvinne bakgrunnsinterferens fra verten
I metagenomisk sekvensering dominerer verts-RNA vanligvis sekvenseringsavlesninger, og maskerer patogensignaler med lav forekomst.
For å møte denne utfordringen benyttet studien seg avMacro & Micro-Tests metagenomiske deteksjonssett for patogener. Ved hjelp av probefangstteknologi binder spesialdesignede prober seg til verts-rRNA og konserverte sekvenser, noe som muliggjør uttømming av dem og dermed beriker mikrobielt RNA.
Denne tilnærmingen forbedret følsomheten for patogendeteksjon betraktelig, noe som gjorde det mulig for nedstrømssekvensering å gjenvinne en høyere andel patogenavlesninger. Anrikningstrinnet la et solid grunnlag for nøyaktig karakterisering av patogenspekteret som gnagere bærer.
Etter anriking ble RNA-prøvene gjennomgått revers transkripsjon, bibliotekkonstruksjon og høykapasitetssekvensering. Bioinformatisk analyse inkluderte:
l Filtrering av vertsgenom
Taksonomisk klassifisering ved bruk av Kraken2
l Korrigering av overflod med Bracken
Denne arbeidsflyten genererte en omfattende profil av virus- og bakteriesamfunn.
Forskningsfunn: Samsirkulasjon av flere virus og bakterier
Virale funn
Virusene som ble oppdaget tilhørte 21 virusfamilier, inkludertArenaviridaeogHantaviridae.
Gjennompå nyttVed montering ved bruk av Megahit ble 154 virale contigs generert, hvorav 110 samsvarte med 19 virus fra åtte familier.
In Apodemus-halvøya, følgende virus ble identifisert:
l Arenavirus: Lassa-virus, Wenzhou-virus, Gairo-virus
l Hantavirus: Amur-virus, Puumala-virus
In Myodes rufocanusRottearterivirus og Amur-virus ble påvist.
Blant disse patogenene:
Lassavirus er en årsak til viral hemoragisk feber, med en dødelighet på omtrent 20 %.
Amurvirus er en av patogenene som er ansvarlige for hemoragisk feber med nyresyndrom (HFRS). Kina rapporterer den høyeste globale byrden av hantavirusinfeksjoner.
Bakteriefunn
Totalt 1051 bakterieslekter ble annotert.
De mest tallrike slektene var:
lSalmonella(26–31 %)
lYersinia(11–23 %)
Salmonellaer et viktig matbårent patogen, ansvarlig for anslagsvis 9 millioner tilfeller av tyfusfeber og omtrent 110 000 dødsfall årlig over hele verden.
Yersinia pestis, som forårsaker pesten, har vært ansvarlig for tre historiske pandemier. Heilongjiang-provinsen er anerkjent som et av Kinas naturlige pestforekomster og er fortsatt en prioritert region for pestovervåking.
Studiens betydning
Vitenskapelige bidrag
Denne studien representerer den første rapporten om Lassa-virusfragmenter og rottearterittvirus hos gnagere fra Heilongjiang, og utvider Kinas database over gnagerbårne patogener.
Den karakteriserer systematisk virus- og bakteriesamfunn i lokale gnagerpopulasjoner, og gir basisdata for overvåking av zoonotiske sykdommer i grenseregioner.
Folkehelsekonsekvenser
Funnene understreker behovet for kontinuerlig overvåking og patogenscreening avA. halvøyerogM. rufocanus.
Dataene gir vitenskapelig bevis som støtter strategier for kildekontroll av sykdommer som pest og hemoragisk feber med nyresyndrom.
Metodologiske styrker
Metagenomisk sekvensering muliggjør objektiv deteksjon av både kjente og nye patogener.
I denne studien viste Macro & Micro-Tests patogenberikelsesteknologi sterk ytelse, og forbedret effektivt deteksjon av målpatogener i komplekse biologiske prøver. Resultatene bekrefter dens evne til å støtte identifisering av høysensitive patogener i overvåking av dyreliv.
Produktanbefaling
Basert på den vellykkede anvendelsen i denne studien, anbefales Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit på det sterkeste for metagenomisk overvåkingsforskning.
Ved effektivt å redusere vertsnukleinsyrer og berike mikrobielle sekvenser, forbedrer settet deteksjonsfølsomheten og datakvaliteten betydelig. Det representerer et viktig verktøy for nøyaktig patogenoppdagelse i komplekse prøver og gir robust teknisk støtte for folkehelseovervåking, zoonotisk risikovurdering og utbruddsberedskap.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Publisert: 02.03.2026