En nylig studie publisert iMikrobiomutførte viral metagenomisk analyse på 846 ville små pattedyr – inkludert flaggermus, gnagere og spissmus – samlet inn i Sierra Leone, Vest-Afrika. Studien identifiserte totalt 39 pattedyrassosierte RNA-virus, bestående av 26 nye og 13 tidligere kjente virus. Blant disse viste Paramyxoviridae-familien det høyeste mangfoldet, mens gnagere hadde det største antallet virusarter (n = 26).
Zoonotisk risikovurdering avdekket tre kjente zoonotiske virus – encefalomyokardittvirus, Lassa-virus og Rocahepevirus sp. – samt tre virus med potensiell smitterisiko: Melian-virus, gnagerhepatittvirus og Hunnivirus A. Det er verdt å merke seg at blant de nylig identifiserte virusene viste Bat ledantevirus 2 det nærmeste fylogenetiske slektskapet til det menneskerinfiserende Le Dantec-viruset. Serologisk analyse oppdaget videre nøytraliserende antistoffer mot dette viruset hos 2,8 % av lokale innbyggere, noe som tyder på tidligere, sannsynligvis uoppdaget, menneskelig eksponering.
Disse funnene fremhever tilstedeværelsen av et betydelig gnagerdominert virusreservoar i Vest-Afrika og understreker den kritiske betydningen av integrerte overvåkingsstrategier i grenseflaten mellom mennesker og dyr. Å kombinere metagenomisk screening med serologisk validering gir et robust rammeverk for å identifisere virus med zoonotisk og spilloverpotensial.
I løpet av det siste tiåret har mer enn 60 % av nye smittsomme sykdommer hos mennesker oppstått fra dyrereservoarer, med flaggermus, gnagere og spissmus som viktige verter for zoonotiske virus. Afrika er allment ansett som et hotspot for zoonotiske sykdommer. For eksempel rapporterte Sierra Leone over 28 000 tilfeller under ebolautbruddet i 2014–2016.
Til tross for den betydelige byrden av zoonotiske sykdommer i denne regionen, er mangfoldet og distribusjonen av virus hos ville små pattedyr fortsatt utilstrekkelig karakterisert. For å tette dette gapet utførte forskere en systematisk viromanalyse av 846 ville små pattedyr fanget på tre steder i Sierra Leone mellom 2018 og 2023. Studien hadde som mål å karakterisere virusmangfoldet, identifisere kandidater med potensial for overføring på tvers av arter, vurdere zoonotisk risiko og generere bevis for å støtte tidlige varslingssystemer for nye smittsomme sykdommer.
Kjernemetoder
Studien anvendte en omfattende viral metagenomisk arbeidsflyt:
- Prøvebehandling:Hjerte-, lever-, milt-, lunge- og nyrevev ble samlet, slått sammen, homogenisert og utsatt for total RNA-ekstraksjon.
- Sekvensering og montering:Ribosomalt RNA-deplesjon ble utført før bibliotekkonstruksjon, etterfulgt av høykapasitetssekvensering ved bruk av Illumina NovaSeq 6000-plattformen. Virale contigs ble satt sammen de novo.
- Virusidentifikasjon:Virus ble identifisert basert på RNA-avhengig RNA-polymerase (RdRp) genjustering. Kun virveldyrassosierte virus ble beholdt, unntatt bakterie-, sopp- og plantevirus.
- Bioinformatisk analyse:Fylogenetisk rekonstruksjon, rekombinasjonsanalyse, modellering av overføringsnettverk på tvers av arter og zoonotisk risikovurdering ble utført.
- Serologisk validering:En VSV-basert pseudovirus-nøytraliseringsanalyse ble utviklet for Bat ledantevirus 2. Nøytraliserende antistoffer ble påvist i 2,8 % av humant serum, noe som gir bevis på potensiell zoonotisk overføring.
StudereResultater
1. Viral oppdagelse og mangfold
Denne studien utførte transkriptomisk sekvenseringsanalyse på 846 ville dyr samlet inn i Sierra Leone, inkludert gnagere, flaggermus og spissmus. Basert på komplette RNA-avhengige RNA-polymerase (RdRp)-gensekvenser ble totalt 39 pattedyrassosierte RNA-virus identifisert, bestående av 13 tidligere kjente virus og 26 nye virus.
Når det gjelder virussammensetning, viste Paramyxoviridae-familien det høyeste nivået av mangfold på tvers av alle tre vertsordenene, etterfulgt av Astroviridae og Picornaviridae. Når det gjelder vertsfordeling, bidro gnagere med det største virusmangfoldet, og hadde totalt 26 virusarter, noe som indikerer deres fremtredende rolle som reservoarer for virusmangfold i regionen.
2. Zoonotisk risiko
Zoonotisk risikovurdering identifiserte tre kjente zoonotiske virus: encefalomyokardittvirus, Lassavirus og Rocahepevirus-arter. I tillegg ble tre virus – Melianvirus, gnagerhepatittvirus og Hunnivirus A – identifisert som virus med potensiell smitterisiko.
Blant de 26 nyoppdagede virusene ble fire spådd å ha høyt zoonotisk potensial basert på fylogenetiske og genomiske egenskaper. Det er verdt å merke seg at Bat ledantevirus 2 viste det nærmeste fylogenetiske slektskapet til det kjente menneskeinfiserende Le Dantec-viruset.
Senere serologisk undersøkelse støttet dette funnet ytterligere, ettersom nøytraliserende antistoffer mot Bat ledantevirus 2 ble påvist i 2,8 % av sera fra lokale innbyggere. Dette resultatet tyder på at uoppdagede eller asymptomatiske infeksjoner allerede kan ha forekommet i den menneskelige befolkningen, noe som fremhever en potensiell, men tidligere uoppdaget zoonotisk overføringsvei.
3. Dynamikk i overføring på tvers av arter
Analyse av artsoverskridende overføring viste at gnagere inntar en sentral posisjon i det virale delingsnettverket, og fungerer som nøkkelnoder som legger til rette for virusutveksling mellom vertsarter. Totalt 15 virus ble identifisert som virus med potensial for artsoverskridende overføring.
Videre analyse av overføringsmønstre på tvers av ordener indikerte at virusdeling forekom oftere mellom verter innenfor samme taksonomiske orden, noe som tyder på at vertsrelaterthet spiller en viktig rolle i overføringsdynamikken. I motsetning til dette viste flaggermus en relativt lavere kapasitet for overføring på tvers av ordener.
Det er viktig å merke seg at det ble observert tegn på utvidelse av vertsspekteret hos visse virus. For eksempel ble Melian-virus, som tidligere ble ansett som spesifikt for spissmus, også påvist hos gnagere i denne studien, noe som indikerer et potensielt skifte i vertens tilpasningsevne og en økt risiko for bredere overføring.
Konklusjoner og folkehelsemessige implikasjoner
- Høyt virommangfold hos ville små pattedyr:Oppdagelsen av 39 RNA-virus, inkludert 26 nye arter, avslører et stort virusreservoar i regionen og rapporterer for første gang nye virus med høyt zoonotisk potensial (f.eks. Bat ledantevirus 2).
- Gnagere som prioriterte overvåkingsmål:Gnagere fungerer som sentrale knutepunkter for virusoverføring og bærer det høyeste virusmangfoldet, noe som representerer den største risikoen for smittespredning.
- Behov for integrerte overvåkingsstrategier:Funnene støtter prioritering av gnagere i aktive overvåkingsprogrammer og implementering av integrerte tilnærminger som kombinerer metagenomikk, serologi og økologisk overvåking i grenseflatene mellom mennesker og dyreliv.
Samlet sett gir denne studien kritisk bevis for å støtte systemer for tidlig varsling og rammeverk for risikovurdering for nye zoonotiske sykdommer, og forsterker viktigheten av proaktiv overvåking i høyrisikoregioner.
Produktinformasjon
Publisert: 23. mars 2026